L’IBB, par sa vocation inter-dénominationelle, garde une entière indépendance et ne fonctionne sous la tutelle d’aucune dénomination ou fédération d’églises. Il attache cependant une grande importance à ses relations avec les églises et souhaite vivement qu’elles soient toutes impliquées d’une manière ou d’une autre, de près comme de loin dans ses activités.